1階西側には環境学習の場として利用できる展示室や研修室、講演会などの利用できる多目的ホールがあり、東側は各種実験室や分析室などの配置した研究ゾーンとなっています。
2階には交流サロン、文献資料室、会議室があり、市民団体や企業の方が資料の閲覧や打合せ、資料づくりを自由に行うことができるスペースとなっています。
「湖沼とともに生きる」をテーマに、霞ヶ浦の歴史・暮らし・生き物たち・水質・地球環境など様々な視点から構成された展示品が設置されています。
建物北側にはエントランス広場や駐車場、南側には森の広場、展望デッキ、池などを配置しています。
霞ケ浦環境科学センターをスライドショーで紹介しています。(※下記をクリックするとセンター公式YouTubeへリンク)